Su Migros Online possono essere usati i seguenti metodi di pagamento:
* Carta di credito (carte di credito Cumulus, Visa, Mastercard, American Express, Diners Club), PostFinance Card e Twint
* Fattura (per posta oppure online)
A seconda dell'ordinazione sono possibili limitazioni dei metodi di pagamento disponibili. Inizialmente Twint e PostFinance vengono accettati solo se questi mezzi di pagamento sono già stati usati per effettuare ordinazioni nel web o nell'app Migros Online. Questa è una soluzione provvisoria anche se si vogliono utilizzare questi mezzi di pagamento nell'app One.